임상의료정보학은 주로 임상과정에 초점을 맞춘 분야이다. 이는 흔히 대중적으로 “의료정보학”으로 알려진 대표적 분야로서, 임상진료의 제 과정을 정보공학적 방법을 통해 향상시키기 위한 응용분야 전반을 가리킨다. 여기에는 의료용 데이터베이스, 전자의무기록, 병원정보시스템, 의료정보경영(관리)시스템, 의료활동의 모니터링과 정도관리, 지역사회 보건의료정보망, 의학 멀티미디어 (영상 및 신호처리), 의학 정보의 보안과 사적비밀보장과 사생활보호 등의 실제적 응용을 갖는 제 분야와 그 관련 기술에 대한 폭넓은 교육 및 연구를 수행한다. 최근에 급속히 발달하고 있는 소비자의료정호학 (consumer health informatics), 보건의료정보학 (health informtics) 및 간호정보학 (nursing informatics) 등도 넓은 의미에서 임상의료정보학 관련분야로 생각할 수 있다. 또한 각 임상과별 의료정보학들(psychiatric informatics, dental informatics, emergency healthcare informatics 등)도 임상의료정보학의 제 분야로 이해할 수 있다. 하지만 임상의료정보학은 현존하는 정보기술의 단순한 임상응용이 아니다. 진정한 임상의료정보학의 발전에는 기초의료정보학에 대한 심도 깊은 이해가 선행되어야 함은 물론이다.

기초의료정보학은 주로 의학의 정보이론적 기반을 연구하는 분야이다. 의학 정보의 특성, 자료구조론, 자료와 정보의 추상화, 의학 용어, 어휘, 명명법, 질병분류체계, 표준화, 의학문헌, 정보 및 지식데이터베이스 등의 의학정보의 수집 및 정리, 커뮤니케이션의 근간에 대한 분야와, 의학정보의 해석, 의학적 의사결정, 의사결정 지원, 지식공학, 데이터마이닝, 의학적 인공지능과 같은 의학 자료와 정보의 지식공학적 처리에 관한 분야와, 컴퓨터기반 의학교육, 전문가 시스템, 및 정보시스템 평가 등과 같은 의료정보시스템 엔지니어링의 기초 학문을 연구하는 분야이다.

오늘날 정보기술과 지식공학의 놀라운 발전으로 말미암아, 의료정보학은 하루가 다르게 복잡한 양상을 띠며 발전해 가고 있다. 이러한 “쉬지 않고 변화하기를 계속하는” 정보학의 특성은, 오늘날 의료정보학의 현주소를 단순히 개괄적으로나마 파악하는 것조차 매우 어려운 일로 만들고 있다. 이러한 복잡한 의료정보학을 이해하기 위하여, 다소 작위적이긴 하지만, 다음과 같은 세 분야로 크게 구분해 생각해 볼 수 있다.

의료정보학

1. 기초의료정보학 (기초학문으로서의 의료정보학: academic medical informatics)

2. 임상의료정보학 (응용으로서의 의료정보학: clinical informatics, health informatics)

3. 생명의료정보학 (의생명현상 연구 도구로서의 의료정보학: bioinformatics)

의료정보학은 의학적 지식의 해석, 의학적 의사결정, 의학적 지식공학 등을 망라하는 분야이다. 이는 의료정보학의 학문분야가 “지식에 관한 지식(knowledge about knowledge)"에 대한 것임을 말하며, 미시에서 거시에 이르는, 또한 기초 생명과학과 임상의학, 그리고 개별 환자의 임상 진료에서, 공중보건학의 제 분야에 이르는 의학의 모든 영역과 관련됨을 의미한다. 의료정보학은 그 고유한 연구의 주제와 영역 (의학 및 생명공학) 및 그 고유한 연구의 방법론(정보이론 및 정보학기법)으로서 타 학문분야와 구별되는 특징을 갖는다.