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Molecular embedding from sdf(3D) - 컴퓨터

ref: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
ref: https://github.com/keiserlab/e3fp
ref: https://github.com/CanisW/TF3P/blob/master/data/utils.py

. prerequisites
rdkit : https://www.rdkit.org/docs/index.html
 > import rdkit.Chem as Chem
 > from rdkit.Chem import AllChem
e3fp : pip install e3fp
 > from e3fp.fingerprint.generate import fprints_dict_from_mol

. input: sdf (3D) to mol
 - text sdf
 > suppl = Chem.SDMolSupplier(/path_to_sdf)
 > mol = suppl[0]
 - binary sdf
 > inf = open(/path_to_sdf,'rb')
 > fsuppl = Chem.ForwardSDMolSupplier(inf)
 - zip sdf (import gzip)
 > inf = gzip.open('/path_to_sdf.gz')
 > fsuppl = Chem.ForwardSDMolSupplier(inf)
 * fsuppl is not randomly accessed
 example)
 for mol in fsuppl: 
   ... use "mol" ...

. output (previous researches)
 - ECFP: ecfp_obj = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2, nBits=nBits)
 - MACCSKey: macc_obj = AllChem.GetMACCSKeysFingerprint(mol)
 - E3FP: e3fp_obj = fprints_dict_from_mol(mol, bits=nBits)[5][0].to_rdkit()

written time : 2020-09-02 11:16:46.0

아몬드 - 일상

소율이는 초코렛 과자에서 초코렛 부분만 먹는다.
이를테면 초코송이에서 초코부분만 먹고 막대는 버린다.
물론 지율이도 따라하기 때문에 함께 사이좋게 막대를 버린다.
초코송이 상자를 들고있는 사람에게 막대를 넣는 사이좋은 모습을 보면 부모로서 뿌듯하기도 하다.

나는 아몬드 할아버지 이야기를 알고 있다.

한 두세 달 전쯤 일이다.
소율이가 해맑게 웃으며 다가와 아몬드를 주었다.
안 보이는 곳에 살며시 두고 먹었다고 거짓말을 했다가 양심의 가책을 느껴 다시 돌아가 주워 먹었다.

written time : 2020-08-27 18:13:14.0

배터리 - 자동차

2020/08/22

written time : 2020-08-24 10:07:15.0
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